1997'nin haziran ayında iktidar ortağı Tansu Çiller, Necmettin Erbakan'ı istifa etmesi konusunda ikna etti. Bunun sebebi ise DYP'deki istifalardı. Yeni hükümetin Tansu Çiller tarafından kurulmasını istiyorlardı ama her bakanın korkusu istifa ettikten sonra Cumhurbaşkanı Demirel'in görevi Mesut Yılmaz'a vermeseydi. Bunun için istifa ettikten hemen sonra Necmettin Erbakan, Tansu Çiller ve Muhsin Yazıcıoğlu ortak bir bildiri yayınlayarak eğer hükümeti Mesut Yılmaz kurarsa güven oyu vermeyeceklerini ifade ettiler. Meclis çoğunluğu halen bu gruptaydı fakat Demirel eğer Çiller’e görev verirse gerginliğin devam edeceğini düşünüyordu. Bu yüzden Süleyman Demirel hükümeti kurma görevini Mesut Yılmaz'a verdi.
55. Hükümet Mesut Yılmaz tarafından kuruldu. ANAP (Mesut Yılmaz) – DSP (Bülent Ecevit) -DTP (Hüsamettin Cindoruk) koalisyon hükümetine dışarıdan da CHP destek verdi. Bu dönemde Refahlı 6 belediye başkanı ve 6 rektör görevden alındı. Asker, 28 Şubat Kararlarının bir an önce uygulanmasını istiyordu. 8 yıllık kesintisiz eğitim hayata geçirildi. Fakat diğer kararların uygulanması geciktikçe asker ile yeni hükümetin arası açılıyordu. Genelkurmay başkanının görevinin uzatılması teklifi başbakan tarafından red edilince gerginlik tırmandı.
21 Mayıs 1997'de Yargıtay Cumhuriyet Başsavcısı Vural Savaş, iktidarda iken RP hakkında, "Laik Cumhuriyet ilkesine aykırı eylemleri" gerekçesiyle dava açmıştı. Refah Partisi, 8 ay süren dava sonunda, 16 Ocak 1998'de Anayasa Mahkemesi tarafından kapatıldı. Necmettin Erbakan, Şevket Kazan, Ahmet Tekdal, Şevki Yılmaz, Hasan Hüseyin Ceylan ve İbrahim Halil Çelik'e 5 yıl süreyle siyaset yasağı getirildi.
İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanı Recep Tayyip Erdoğan, 6 Aralık 1997'de Siirt'te düzenlenen bir açık hava toplantısı sırasında topluluğa yaptığı konuşmada kullandığı ifadeler sebebiyle "halkı sınıf, ırk, din, mezhep veya bölge farklılığı gözeterek kin ve düşmanlığa tahrik ettiği" gerekçesiyle kendisine açılan dava sonucunda 10 ay hapis cezasına çarptırıldı. Belediye başkanlığı görevinden ayrılarak 26 Mart 1999'da girdiği cezaevinde dört ay on gün kaldıktan sonra 24 Temmuz 1999'da tahliye edildi.
Mesut Yılmaz Başbakanlığında kurulan ANAP-DSP-DTP Koalisyonu çatırdamaya başladı çünkü azınlık hükümetiydi ve CHP'nin dışardan destek vermesiyle ayakta duruyordu. İşlerin düzgün yürümediğini gören Deniz Baykal hükümetten desteğini çekti ve bir gensoru ile hükümet düşürüldü.
Abdullah Öcalan o dönemde Suriye'de saklanıyordu. Türkiye'nin baskıları sonucu 1998'de Suriye, Öcalan'ı topraklarından çıkarmak zorunda kaldı. Suriye'den Yunanistan'a oradan Rusya'ya, oradan İtalya'ya geçen Öcalan, İtalyan Hükümeti tarafından da ülkeden çıkarılınca tekrar Yunanistan üzerinden Kenya'nın Yunanistan Büyükelçiliği'nde saklandı. MİT Müsteşarı 2 saat içinde Başbakan ve Cumhurbaşkanı'ndan onay aldıktan sonra operasyonu başlattı.
Bu müjdeli haberi kameralar karşısında Bülent Ecevit veriyordu. Şans Ecevit'e gülmüştü Kıbrıs Fatihi Karaoğlan şimdi de Terörist Başını yakalayan kişi konumuna geldi. Bu olay 18 Nisan 1999 seçimlerine de aynen yansıdı. Seçim sonuçlarına göre Ecevit'in DSP'si birinci parti olarak çıktı. Bahçeli'nin MHP'si ikinci ve kapatılan Refah'ın yerine kurulan Recai Kutan'ın Fazilet Partisi üçüncü çıkmıştı. CHP ise tarihinde ilk defa barajı geçemeyerek meclis dışında kaldı.
2 Mayıs 1999 günü meclis yemin töreninde Merve Kavakçı olayı yaşandı. Merve Kavakçı, Fazilet Partisinden İstanbul Milletvekili olarak seçilmişti. Başörtüsüyle yemin etmeye geldiği gün meclis ayaklandı. Meclis tarihinde ilk defa bir başörtülü kadın vekil salona girmişti bu meclisin laik kesimin ayağa kaldırdı. Merve Kavakçı'nın daha sonra ABD vatandaşı olduğu ortaya çıktı ve bunun üzerine Türk vatandaşlığından çıkarıldı.
Yeni hükümet ise Bülent Ecevit Başbakanlığında DSP-MHP-ANAP koalisyonu şeklinde kuruldu.
Fettullah Gülen cemaatine karşı gelişmeler yaşandı. Gülen'in bazı konuşmaları medyaya servis edildi ve mahkemeye verildi. Gülen beraat etti fakat gidişatı gördü ve sağlık gerekçesi ile ABD'ye kaçtı.
Ve 17 Ağustos depremi, tüm Marmara Bölgesi'nde, Ankara'dan İzmir'e kadar geniş bir alanda hissedildi. Resmi raporlara göre, 17.480 ölüm, 23.781 yaralı oldu. 505 kişi sakat kaldı. Türkiye'nin yakın tarihini derinden etkileyen en önemli olaylardan biridir.